Die Pfarrkirche von São Pedro do Porto da Cruz, auch bekannt als Senhor São Pedro dos Biscoitos do Porto da Cruz, wurde im Jahr 1561 gegründet. Sie war die erste Kirche von Biscoitos und befand sich in der Gegend von Caparica, wobei noch einige Überreste dieser Kirche existieren.
Später, im Jahr 1672, wurde die zweite Kirche im Viertel S. Pedro errichtet, die der Pfarrgemeinde bis zum Erdbeben von 1980 diente, das einen Teil des Gebäudes zerstörte und dessen Wiederaufbau erforderlich machte.
Einige Leute betrachten den Wiederaufbau als die Gründung der dritten Kirche.