El Convento de São Gonçalo fue fundado por bula emitida por el Papa Juan Pablo III que, en 1542, accedió a la petición de Brás Pires do Canto, patrón de este monasterio de Clarissas, donde, una vez terminada la construcción, sus dos hijas, una de las cuales fue la primera abadesa.
El constante aumento del número de monjas, durante los siglos XVI y XVII, obligó a la ampliación de las instalaciones originales del convento, que ocuparon el lugar donde se ubicaba la primitiva iglesia (orientada al este), de la que aún quedan vestigios. integrado en los muros del claustro al sur del monasterio. A finales del siglo XIX, el mismo claustro resultó gravemente dañado por un terremoto, y las columnas toscanas con arcos matrimoniales, al este de este claustro, fueron sustituidas por pilastras.
La construcción de la nueva iglesia en el convento de São Gonçalo se inició a finales del siglo XVII, tras la ampliación de las instalaciones del convento, pero la decoración interior sólo se completaría a mediados del siglo siguiente. Con dos claustros, vallado y macizo, la iglesia y los coros, alto y bajo, son de estilo V joánico, uno de los más expresivos del archipiélago. En el interior, barroco y conventual, destaca: la sillería del coro alto con figuras fantásticas; el conjunto de paneles de azulejos portugueses (siglo XVIII); Cristo crucificado en una cruz de plata (siglo XVII, escuela española, posiblemente sudamericana); y las ricas tallas, lienzos y techos pintados.
