L’église paroissiale de São Pedro do Porto da Cruz, également connue sous le nom de Senhor São Pedro dos Biscoitos do Porto da Cruz, a été fondée en 1561. C’était la première église de Biscoitos et était située dans la zone de Caparica, avec encore quelques vestiges de cette église.
Plus tard, en 1672, la deuxième église a été construite dans le quartier de S. Pedro, servant la communauté paroissiale jusqu’au séisme de 1980, qui a partiellement détruit le bâtiment, nécessitant sa reconstruction par la suite.
Certaines personnes considèrent que sa reconstruction marque la création de la troisième église.